A infraestrutura física e laboratorial utilizada pelos discentes e docentes do Programa de Pós-Graduação em Microbiologia Agrícola está localizada no Instituto de Biotecnologia Aplicada à Agropecuária (BIOAGRO) e no prédio do Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCB-I), os quais se encontram localizados a cerca de 200 m de distância um do outro. O Departamento possui 9 (nove) laboratórios de pesquisa (Associações Micorrízicas, Biotecnologia e Biodiversidade para o Meio Ambiente, Ecologia Microbiana, Fisiologia de Micro-organismos, Genética Molecular e de Micro-organismos, Microbiologia de Alimentos, Patógenos Alimentares, Microbiologia de Anaeróbios e Microbiologia Industrial) com aproximadamente 1.350 metros quadrados de área total. Todos os laboratórios são liderados por orientadores do núcleo permanente do Programa. O Departamento de Microbiologia possui ainda duas casas de vegetação: uma com 192 metros quadrados e outra com 144 metros quadrados e um laboratório de apoio às casas de vegetação, onde são preparados materiais e esterilizados substratos utilizados para experimentos in vivo, utilizando diferentes espécies vegetais. Os laboratórios possuem equipamentos modernos, adequados à realização de projetos de pesquisa de alto nível e comparáveis aos melhores centros de pesquisa no exterior. O Programa dispõe de diversos equipamentos de médio e grande porte, sendo citados, a título de exemplo: sistemas de cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC); sistema de cromatografia gasosa (GC); eletroporadores; termocicladores; autoclaves verticais; incubadores rotacionais (shaker); sistemas de eletroforese de proteína e DNA; fermentadores e biorreatores; equipamentos para eletroforese de campo pulsado; sistemas eletroforese em gel de gradiente de desnaturação – DGGE; sistema de Pulse Field Gel Electrophoresis (PFGE); estufas de secagem; várias B.O.D.; aparelho stomacher; sequenciador de DNA; sistema central de purificação de água; liofilizador; espectrofotômetro de absorção atômica; sistema de purificação de água milliQ; sistema French Press Cell; capelas de fluxo laminar; equipamento para PCR em tempo real; ultrafreezers; sistema de análise de nitrogênio; ultracentrífuga; leitora de microplacas; aparato de eletrotransferência;centrífugas refrigeradas; banhos-Maria; rotavapor; microcentrífugas diversas; criomicrótomo; microscópios; microscópio de fluorescência; sistemas para fotomicrografias; sistema para análise, processamento e armazenamento de imagens; sala para revelação de imagens, entre outros.

O laboratório de Genética Molecular de Micro-organismos/BIOAGRO tem licença da CNEN para funcionamento, contando com recinto específico equipado para trabalhos com radioisótopos, além de acesso ao cintilador. O Programa conta com duas câmaras de anaerobiose, localizadas nos laboratórios de Biotecnologia e Biodiversidade para o Meio Ambiente e de Anaeróbios. Outros equipamentos de grande porte como respirômetro e um sistema para identificação de bactérias e leveduras baseado em análise de ácidos graxos-MIDI também estão instalados em nossos laboratórios.

O programa conta ainda com laboratórios de pesquisa e de aulas práticas, no Prédio do Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCB-I), equipados para pesquisa básica em microbiologia e para a condução das aulas práticas das quatro disciplinas de laboratório específicas oferecidas pelo Departamento. O Laboratório de aulas práticas da Pós-Graduação apresenta excelente infraestrutura de equipamentos, compatível com a execução de experimentos relacionados com os tópicos ministrados nas disciplinas práticas oferecidas pelo Programa: MBI 611 – Laboratório de Fisiologia de Micro-organismos, MBI 621 – Laboratório de Genética Molecular e de Micro-organismos, MBI 631 – Laboratório de Microbiologia de Alimentos e MBI 651 – Laboratório de Microbiologia do Solo. O Laboratório de Microbiologia de Alimentos está equipado para realizar análises microbiológicas de alimentos e tem prestado serviços a empresas e indústrias de alimentos entre outras, executando análise ou treinando funcionários de empresas.

Os docentes e estudantes têm acesso a laboratórios institucionais, como o Núcleo de Microscopia e Microanálise da UFV e o Núcleo de Biomoléculas, montados e mantidos pelo esforço conjunto de diversos Programas da Pós-Graduação de diferentes Departamentos da UFV. O Núcleo de Microscopia e Microanálise da UFV e o Núcleo de Biomoléculas foram criados com o intuito de disponibilizar equipamentos que são de grande porte, de elevado custo e de manutenção dispendiosa, para a análise de materiais biológicos ou não biológicos, de forma organizada, racional e democrática. São usuários dos Núcleos os pesquisadores já formados e em formação, de quaisquer Departamentos da UFV e de outras entidades públicas ou privadas interessadas. Assim, esses laboratórios institucionais têm como objetivo ampla abertura e multidisciplinaridade, visando justificar a sua alocação em um Núcleo Multidisciplinar.

O Programa também participa e têm acesso a laboratórios de caráter interinstitucional, como os financiados pela Rede Mineira de Biomoléculas, Rede Mineira de Proteoma e Rede Mineira de Biotecnologia. As professoras Marisa Vieira de Queiroz e Elza Fernandes de Araújo, docentes permanentes do Programa, integram a equipe do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia (INCT) em Interações Planta-Praga e a Rede Mineira de Biotecnologia.
Novos projetos têm ampliado o número de facilidades disponíveis. Em 2010, pelo edital Pró-Equipamentos da CAPES, o Programa foi contemplado com um equipamento para PCR em Tempo Real e um Ultra Freezer, destinado ao uso multiusuário por docentes e discentes. Ainda em 2010, por intermédio do edital Pró-Equipamentos da CAPES, o Programa adquiriu um Sistema de Fotodocumentação que foi instalado no Laboratório de Genética de Micro-organismos/BIOAGRO, e encontra-se disponível para ser utilizado por estudantes vinculados a vários Programas. Em 2011, o subprojeto intitulado Síntese de Biomoléculas por Culturas Microbianas em Biorreatores que compunha o projeto institucional da UFV submetido ao edital Pro-equipamentos Institucional (Edital 025/2011 /CAPES) foi aprovado. Foi adquirido um conjunto de biorreatores que tem sido utilizado nas atividades de ensino e pesquisa, sendo compartilhado por pesquisadores de diferentes linhas de pesquisas e áreas do conhecimento, vinculados a diversos Programas de Pós-Graduação da UFV.

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